Lange kalde vintre fra nord er gunstig for å få til dypvannsutskiftning i fjorden. I Vestfjorden skjer dypvannsutskiftningen årlig, mens hvert 3. – 4. år i Bunnefjorden. Gode oksygenforhold er viktig for å opprettholde biodiversiteten i fjorden. I Vestfjorden er oksygenforholdene svært gode i bunnvannet, mens dårlige oksygenforholdene i Bunnefjorden. Generelt viser dataene at siktedypet i mai 2016 er dårligere enn på samme tid i 2015.
