I Vestfjorden skjer dypvannsutskiftningen årlig, mens den i Bunnefjorden skjer ca. hvert 3-4 år under 50-60 meter. Varme vintre med redusert nordavind vil på den annen side ha negativ innvirkning på fjorden. Det har vært en dypvannsutskiftning i Vestfjorden mellom desember 2016 og februar 2017. Denne vannutskiftningen har hatt påvirkning på de intermediære vannmassene i Bunnefjorden. Oksygenforholdene i Vestfjorden er i februar i tilstandsklasse «svært god» til «god». I Bunnefjorden er bunnvannet (under 70 m) i tilstandsklasse «svært dårlig», vann mellom ca. 20-70 m er i tilstandsklasse «moderat» til «dårlig» og de øverste 20 m er i tilstandsklasse «svært god» til «god». Tetthetsprofilet i fjorden gjennom året viser større variasjoner i Vestfjorden enn i Bunnefjorden. Det skyldes bl.a. at det i Vestfjorden finnes terskelinitierte tidevannsbølger som skaper turbulens som medfører økt blanding.
